Między gminą, a spółką reprezentującą konsorcjum doszło do zawarcia umowy dotyczącej m.in. odpompowanie, przewiezienie, utylizację i inne czynności dotyczące osadów dennych. Ponieważ konsorcjum nie wywiązało się z obowiązku przedłożenia samorządowi terytorialnemu protokołów dokumentujących przebieg prac, ani ich odbioru, nie przedstawiło też żadnych świadectw częściowych płatności, co mogłoby stanowić dowód realizacji zlecenia, gmina nie przyjęła faktur końcowych. Ponieważ nie doszło do rozliczenia wynikających z nich płatności, spółka podjęła decyzję, że anuluje wystawione faktury, a co za tym idzie uznała, że nie ma obowiązku zapłacenia VAT z tego tytułu. Skarbówka uznała takie działanie za błąd. W opinii organu spółka nie miała podstaw, by anulować faktury. Co więcej, uznał on, że faktury zostały wprowadzone do obrotu prawnego, a przedsiębiorstwo popełniło także błąd wykazując nadwyżkę podatku naliczonego względem należnego. W konsekwencji źle wyliczyła także deklarowaną wysokość zobowiązania za dany okres.
Sprawa trafiła na sądową wokandę. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku z 27.1.2021 r., I SA/Gl 1175/20 Legalis stanął po stronie spółki. Organ uznał interpretację skarbówki za błędną. Uzasadniając swoje stanowisko WSA powołał się m.in. na wyrok WSA w Warszawie, III SA/Wa 2076/09, Legalis w którym stwierdzono, że „nie sposób przyjąć, iż faktura „zaistniała w obrocie prawnym”, gdy kontrahent odmówił jej przyjęcia i doręczony mu dokument zwrócił wystawcy, a w rezultacie takich działań kontrahenta, wystawca dysponuje zarówno oryginałem, jak i kopią spornej faktury”.
Sąd dodał, że „prawem podatnika nabywającego usługę lub towar jest możliwość skorzystania z uprawnienia, jakie daje art. 86 ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 685 ze zm.; dalej: VATU), tj. pomniejszenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Aby podatnik miał taką możliwość, musi jednak otrzymaną fakturę VAT zaewidencjonować w księdze podatkowej. Zaewidencjonowanie faktury VAT w księgach podatkowych przez podatnika (wystawcę i nabywcę) jest zarazem pierwszym i jedynym sposobem, w którym można mówić o wprowadzeniu faktury VAT do obrotu prawnego. Przesłanka niewprowadzenia faktury VAT do obrotu prawnego, która warunkuje dopuszczalność anulowania faktury VAT, sprowadza się do tego, ażeby podatnik, który tę fakturę VAT wystawił, posiadał jej oba egzemplarze oraz szczegółowo opisał przesłanki jej anulowania, a w konsekwencji tego determinuje brak ryzyka bezpodstawnego pomniejszenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z faktury VAT anulowanej przez nabywcę. Autor szeroko tu powoływanego opracowania konstatuje, że tym samym nie ma podstaw do ewentualnego stwierdzenia i dowodzenia, że wystawca faktury VAT, anulując ją, naraża budżet państwa na uszczuplenia majątkowe”.
